冷阶段能够检查许多生物样品，通常含有具有复杂的临界点干燥或其他固定程序的显着水分。通过冻结样品，其内部水分在图像过程中保持完整。如果在不除去水分或使用某种类型的低温技术的情况下置于SEM的真空中，则样品通常会收缩或萎缩，从而对样品感应显着的变形和不可逆的损伤。

从SEM阶段容易添加或移除冷阶段。将外部冷却器作为珀塞尔温控表面的散热系统提供，用于SEM冷阶段。